交通运输部公路科学研究所现有两个一级学科学术学位硕士授权点（0814土木工程、0823交通运输工程）。一个专业学位硕士授权点（0861交通运输）。目前已开展硕士招生的研究方向包括：岩土工程、结构工程、防灾减灾工程及防护工程、桥梁与隧道工程、道路与铁道工程、交通信息工程及控制、交通运输规划与管理、载运工具运用工程等方向。