自1985年起，公路所在桥梁与隧道工程、道路与铁道工程、交通运输规划与管理三个专业招收硕士研究生，发挥了很好作用，为公路所的人才队伍建设和交通行业的快速发展做出了贡献。2010年，经国务院学位委员会批复，公路所增设了两个硕士学位授权一级学科，即土木工程和交通运输工程。

1985至2019年，公路所共计招收了110名硕士研究生，毕业生95名，在读生15名。

目前，公路所拥有硕导32名，其中研究员或教授级优异高工31名，副研1名。各学科点硕导的构成：土木工程一级学科硕士学位授权点，共计12名硕导，其中桥梁与隧道工程6名，岩土工程2名，结构工程2名，防灾减灾工程及防护工程2名。交通运输工程一级学科硕士学位授权点，共计20名硕导，其中道路与铁道工程7名，交通运输规划与管理4名，交通信息工程及控制4名，载运工具运用工程4名。

根据国务院学位委员会、教育部《关于开展学位授权点合格评估工作的通知》，2018年公路所完成了土木工程和交通运输工程这两个一级学科硕士学位授权点自评估，专家组的评估结果均为优秀。2019年5月，北京市学位办组织抽评，抽中公路所土木工程硕士点，抽评结果为合格。通过自评估和抽评，说明公路所硕士研究生培养工作规范，培养效果良好。